与西医的区别，绝不是地域的区别，也不是古代与现代、先进与落后的区别，而是方法论不同而形成的不同学术体系。西医在结构的基础上功能，取得了长足的发展，其科学观是还原论指导的，物理、化学知识很自然地进入其学术体系之内。中医学在脏腑解剖“实有其物”、人体功能“升降出入”大体不错的基础上，建立的都是关系论、调节论，应用的是复杂性问题的研究方法，主要是对于客观事物性质的描述，是相对概念。比如，六淫与六气的区别、药物寒与热的差异、血气的正常流通与瘀滞、水液与痰湿的转化等等，都是相对概念和性质描述，难以定量界定。所以，还原论的物理、化学等知识很难进入中医学的领域。
中医学以人体自我恢复能力为依据，强调“辨证论治”，主张治疗未病，都是重视“苗头”的做法，就像中医学贡献给人类的“人痘”一样，在方法论上是非常先进的。只是，长期以来人们把辨证论治隶属于西医的概念之下，束缚中医手脚，以为其太随意、太灵活，法律也不采信“辨证论治”，因此，在科学观上，人们信奉的还是还原论，而不是以人为本的中医学的方法。
用西医的理论指导中医临床，在某些情况下是“有害的误导”。比如，预防型性的时候，大家都服汤药。西医问：“你这汤药是根据什么开的?有何作用?”有人说：“我这汤液，可以提高免疫力，可以抗病毒。”这种解释目前很盛行，但是，经不住科学考问。因此，西医发问了：“你抗的是什么病毒?新型的冠状病毒，你以前见过吗?有数据吗?”显然没有。没有就说，不是先验论吗?即使有了数据，还要进一步接受考问：“你用什么抗病毒?为什么是复方，而不是一味药?为什么是一味药，而不是一种成分?”显然，中医的汤药只是临床有效，各种有根据的实验数据一时拿不出来，因此，在科学的考问面前，即使中医有效果，也逃脱不了“败诉”的“科学指控”。坚持以西医理论指导中药的使用，就必须立即停止中药汤药的运用!因为，按照化学分析的金标准来看，“临时组合的中药汤剂”的有效性、安全性都是未知数，必须先进实验室后进入临床，否则就是“不人道地拿人做试验”，这就是反中医人士一贯的论调。
中医不纯，从学术上看，历来就不纯。中医理论里的气、阴阳、五行等等，都是借来的概念。张仲景、孙思邈、叶天士等历代中医大家都主张博览群书，兼采众家。但是，必须是以我为主，吸收有益的知识。
那么，临床上中医的西化是怎么形成的?首先，是科技观、价值观误导了人们的就医理念，使人们看不到中医学的优秀特质，因而远离中医。其次是中医人员在西医疾病观的误导下，不够自信，造成技术萎缩，治疗疾病的能力下降，临床水平滑脱，不得不借助西医技术。再就是价值观的误导，简便廉验的中医特色被不规范的医疗市场驱逐。谁喜欢不赚钱的简便廉验?谁能靠简便廉验维持的运转?、拔罐、小夹板在医院里被视为不受欢迎的角色，中医院不要中医学生而大量引进西源，不就是一切以经济为中心的医疗市场误导造成的吗?
再有，中医的丸散膏丹，在古代是那么容易创造，而现在一律按西药管理，研制费用高昂，中医也难再创制新药。把中医创新的手脚捆绑起来，如何创新?六味地黄丸治疗哪一种西医的疾病?能够超越与之对照的西药吗?今后还能产生类似的“只对证而不治病”的中成药吗?对证能通过新药审查吗?
中医不纯，无奈的选择，无奈的尴尬，也是使中医事业萎缩的重要原因。可惜不少人正乐此不疲地大声说：“这是时代的需要!”