在中医典籍《黄帝内经》中，清浊是经常被使用的词语，几乎与寒热、气血、阴阳一样属于基本概念，是含义十分丰富的“元概念”。但过去并未引起人们足够的重视——在《内经》中，清浊用来表示不同的生理现象，书中也常以此形象地阐述各种病因和病机。
用清浊表示生理物质的稀稠
《内经》说“浊气出于胃”，又说“浊气归心”，认为十二经脉有清浊不同的属性，是因为其中的血之清浊不一样。生理状态下，清者为营，浊者为卫。
《内经》作者认为，血液的清浊是可以通过实验检验的，并不是理论推测。《灵枢·经水》说：“八尺之士，皮肉在此，外可度量切循而得之，其死可解剖而视之。”人体五藏的坚脆，六腑的大小，储存多少水谷，以及“脉之长短，血之清浊，气之多少”，甚至十二经之中，各条经脉血与气的比例，孰多孰少，“皆有大数”，都可通过一定手段检测获得。文中提到的“血之清浊”，是《内经》作者经常使用的学术语言。
《素问·五脏别论》说六腑“受五藏浊气，名曰传化之府”。六腑里的“水谷浊物”就像泥沙俱下的江河一样浑浊不清，与五脏储存精微物质明显不同。
用清浊说明体液的阴阳升降
《素问·阴阳应象大论》认为“寒气生浊，热气生清”。清气在下，不能上升，就会出现泄泻;浊气在上，不能下降，就会出现胀满。这是因为“阳升阴降”受阻而出现的病证。因为正常的情况下，“清阳为天，浊阴为地”，人体与之相应，也应该“清阳出上窍，浊阴出下窍;清阳发腠理，浊阴走五脏;清阳实四肢，浊阴归六腑”。这里把清浊与阴阳相联系，说明生理代谢时“升降出入”的原理。
《灵枢·阴阳清浊》论述气的清浊，说“浊而清者，上出于咽，清而浊者，则下行。清浊相干，命曰乱气。”其中“浊而清”与“清而浊”，指的是清与浊之间的转化，与阴阳之间的转化一样，清浊也可以互化，“浊中有清，清中有浊”，二者是变动不居的。
《素问·阴阳应象大论》多处说“清阳”、“浊阴”，而《灵枢·阴阳清浊》却说“阴清而阳浊”，二者似乎矛盾，其实不然。前者的清浊，是根据精微物质的稀稠、升降而定的，所以说“清阳浊阴”;后者是按照精微物质的运动状态划分的，“阴静阳躁”，因此说“阴清而阳浊”。运用的标准不一样，形成的概念也不同。
用清浊说明病因病证的寒热
清浊的本意从水的清澈程度而来，由清淡、清净的基本含义，引申出清冷、清虚、清静、清贫等含义，由浑浊也可引申出浑厚、浊流滚滚，象征着力量无穷。
《灵枢·百病始生》：“夫百病之始生也，皆于风雨寒暑，清湿喜怒，喜怒不节则伤脏，风雨则伤上，清湿则伤下。三部之气所伤异类。”文中的“清湿”，就是指寒冷潮湿。
《素问·至真要大论》：“诸转反戾，水液浑浊，皆属于热;诸病水液，澄彻清冷，皆属于寒。”这段“病机十九条”中，关于清稀的体液属寒性，浊稠的体液属于热性的论述，一直指导着中医临床辨证。
《素问·气厥论》：“鼻渊者，浊涕不下止也。”此处的“浊涕”，代表热性鼻涕。
《内经》说青脉主“腰痛，足清，。”足清就是脚凉。真心痛、厥气病，都有“手足清”的证候，指的都是手脚凉。肾虚时出现清厥，也是寒凉之意。血枯的病人“出清液，先唾血，四支清，目眩，时时前后血”。出清液，就是吐清水;四肢清，则是四肢凉。