子午流注理论把一天24小时分为十二时辰，对应十二地支，并与人体腑脏的气血运行等相结合。十二时辰中，人体气血循行流注，盛衰开阖有时。遵循子午流注规律，有益于保持阴阳平衡，气血畅通。
子时
子时（晚上23点～凌晨1点）胆经最旺盛。此时是一天中最黑暗的时辰，阳气开始生发。《黄帝内经》曰：“凡十一脏皆取于胆。”胆气生发起来，全身气血才能随之而起。子时睡眠了，胆经才能完成代谢。“胆有多清，脑有多清。”凡在子时前入睡者，晨醒后头脑清新，气色红润；反之，子时不入睡者，日久面色青白，易生肝胆疾病。因此，人在此时入睡，对一天至关重要，也就是在养阳气，养好阳气对人的寿命至关重要。
丑时
丑时（1～3点）肝经最旺盛。《素问·五脏生成篇》曰：“故人卧血归于肝。”肝内血液充足，可维护肝的疏泄功能，使之冲和条达，充分发挥解毒滤过的作用。此时一定要睡好，就能养好肝血。否则易出现急躁易怒、焦虑、神经衰弱，老年人易患痴呆等精神性疾病。
寅时
寅时（3～5点）肺经最旺盛。将肝贮藏解毒的新鲜血液输送到全身。《素问·经脉别论》说：“脉气流经，经气归于肺，肺朝百脉，输精于皮毛。”血的运行要依赖气的推动，肺主呼吸，调节全身的气机。此时肺经旺盛，有助于肺气调节和输布血液，运行百脉。这个阶段是从静变为动的开始，它是通过深度睡眠来完成的。肺脏有病、心功能不太好的老年人不要急于起床，也不提倡早起晨练。等太阳出来之后，空气新鲜时，可以活动一下，而早晨是阳气生发的时候，要顺其生发，迎接新一天的到来。
卯时
卯时（5～7点）大肠经旺盛。中医有“肺与大肠相表里”之说，卯时肺经气血入大肠经，此时天已亮了，早晨起床喝适量水，促进排便，要养成良好的习惯。排便后多做提肛运动，可防止便秘、痔疮、脱肛等病。
辰时
辰时（7～9点）胃经旺盛。此时是人们吃早点的时候，一定要吃好，这也是胃部消化吸收能力最旺盛的时辰。
巳时
巳时（9～11点）脾经旺盛。脾主运化，吸收食物中的营养。中医有“脾与胃相表里”之说。脾统血，为气血生化之源，后天之本。脾经旺盛可运化水谷，升清化浊，五脏六腑之精气来源于脾胃运化之水谷精气。
午时
午时（11～13点）心经旺盛。子时和午时是天地气机的转换点，人体也要注重这种天地之气的转换点。中午吃完饭以后，应小憩片刻，不要超过40分钟。适宜养心，可使下午至晚上精力充沛。
未时
未时（13～15点）小肠经旺盛。《素问·灵兰秘典论》曰：“小肠者，受盛之官，化物出焉。”就是说小肠吸收被脾胃腐熟后的食物精华。
申时
申时（15～17点）膀胱经旺盛。膀胱有“化气行水”的功能，负责排泄人体水液。如气化功能失常，就会导致小便不利，甚至尿闭或者小便频数失禁等。
酉时
酉时（17～19点）肾经旺盛。肾是生命之根，为“先天之本”。主管人体的生长、发育和其他的重要生命活动。肾藏精，先天之精是禀受于父母的生殖之精，与生俱来；后天之精，为水谷之精气，由脾胃运化而来，即“后天养先天”。肾在酉时进入贮藏精华的阶段，有利于贮存一日的脏腑之精华。肾精盈满，先天之本才能稳固，生命力旺盛，才能延年益寿。如果吃饭过了酉时，即错过了人体营养吸收的最好时间，不但起不到补养精气的作用，还会给代谢带来负担。如同一堆垃圾不能及时处理，影响体内环境，因此晚饭不要超过晚7点。
戌时
戌时（19～21点）心包经旺盛。心包络相当于膻中，张琦《素问释义》云：“膻中即心包络，为心主之宫城也。”其功能活动，是“臣使之官”而主“喜乐”。犹如心脏的屏障，是阻止时邪侵犯心脏的外围防线，故《灵枢·邪客》说：“诸邪之在于心者，皆在于心之包络。”此时可做适量的活动，有利于强壮心功能。人在这个时候，应准备入眠或进入浅睡状态。
亥时
亥时（21～23点）三焦经旺盛。三焦虽为六腑之一，但三焦总的生理功能是其他几个脏腑在水谷消化吸收、营养排泄等方面功能的总和，而这一总的作用是宗气（积于胸中，贯注于心肺之脉）、中气（脾胃之气）、元气（肾气）三者相辅相成的集合体。因此三焦的病理变化大都表现在胸腹体腔内，三焦要通，不通则生病。此时宜进入睡眠阶段，百脉得以休养生息，才对身体十分有益。
人体在十二时辰中，从亥时（21点）到寅时（5点），是阴盛阶段（夜间），人体要在安静中获得睡眠。此时是人体细胞休养生息、新陈代谢的时间，要有充足的睡眠，才会有良好的精神状态。人体要随着十二时辰盛衰开阖而变化，把握养生的规律，才能提高和改善人体素质，达到祛病强身的效果。