1.与流行性感冒的鉴别
(1)流行病学流感为广泛性流行疾病，以冬春季节为主，急性鼻咽炎为全年发生，以秋、冬、春季节多见。
(2)临床表现：流感的全身中毒症状明显，常为高热，39～40℃，持续3～5天，头痛、全身疼痛常见且严重，疲乏虚弱早期出现，可持续2～3周，可以伴有鼻塞、喷嚏、咽痛，胸部不适及咳嗽常见，且程度较重，可并发支气管炎、肺炎，甚至可危及生命。气管炎和软腭黏膜颗粒性变化是流感的典型卡他症状。急性鼻咽炎主要表现为鼻塞、喷嚏、咽痛、全身症状较轻，头痛、全身疼痛及疲乏虚弱少且轻微，发热少，部分可有轻到中度胸部不适及咳嗽，并发症少见。
(3)辅助检查
①X线检查：流感较急性鼻咽炎易出现肺部并发症，如支气管炎或肺炎，因此胸部X线检查有助于临床诊断的倾向性。
②实验室检查：A.病毒分离培养，通过采集鼻部分泌物，鼻咽拭子，喉部拭子进行疖毒分离培养确定病原体，病毒培养大约3～10天。B.快速流感测定，敏感性>70%，特异性>90%，约需24h。C.血清抗体检测，此方法需测定急性期和恢复期的抗体效价。D.下鼻甲黏膜印片检查，流感患者常于发病第一天开始即可出现大量变性柱状上皮细胞，胞浆或细胞核内有嗜苯胺蓝包涵体而急性鼻咽炎是以脓细胞为主，包涵体少见。
2.与鼻腔疾病的鉴别
(1)过敏性鼻炎：有过敏史，呈季节性(花粉症)或常年打喷嚏，鼻溢，鼻充血伴瘙痒感。症状特征和鼻分泌物内嗜酸性粒细胞增加有助于本病诊断。
(2)血管舒缩性鼻炎：无过敏史，以鼻黏膜间歇性血管充盈、打喷嚏和流清涕为特点，干燥空气能使症状加重。根据病史以及无脓涕和痂皮等可与病毒性或细菌性感染相鉴别。
(3)萎缩性鼻炎：鼻腔异常通畅，黏膜固有层变薄且血管减少，嗅觉减退并有痂皮形成及臭味，容易鉴别。
(4)鼻中隔偏曲、鼻息肉：鼻镜检查即可明确诊断。
3.与某些急性传染病(如麻疹、脑炎、流行性脑脊髓膜炎、脊髓灰质炎、伤寒、斑疹伤寒)和HIV感染前驱期的上呼吸道炎鉴别，根据症状病史、动态观察和相关实验室检查，鉴别不难。