根据阴阳学说外为阳、内为阴，上为阳、下为阴的规律，则人之体表在外为阳，脏腑在内为阴；头在上为阳，足在下为阴；背在上外为阳，腹在下内为阴。
阴阳与人体生理的关系
无论是人体的整体还是各部分的生理功能，都可以用阴阳来概括说明。人体的正常生命活动健康与否，都决定于阴阳是否调和。人体的生理功能都是通过气机的升降出入实现的，而阳主升，阴主降；阳主出，阴主入，人体之阴阳调和则气机升降出入协调平衡，人体就健康，中医称为“阴平阳秘，精神乃治”。
阴阳与人体病理的关系
人体阴阳失去平衡称为阴阳失调。阴阳失调后就会表现出各种症状，古人对症状的分类，也是用阴阳来代表和说明的。阳证，一般表现的症状是：发热、口渴、脉数（快）等，这类症状，古人又称为热（阳）证。阴证，一般表现的症状是：不发热、口不渴、手足冷、脉迟（慢）等，这类症状，古人又称为寒（阴）证。这就是中医所说的“阳胜则热，阴胜则寒”。
临床上还有一类阴阳失调关系是阴阳偏衰。即是指阴或阳低于正常水平的失调，其一方低于正常水平，而另一方保持正常水平，或双方都不同程度低于正常水平，故出现虚证。阴不足，阳相对偏盛则阴虚生内热；阳不足，阴相对偏盛则阳虚生外寒；阴阳双方都不同程度不足，则虚寒、虚热并见或阴阳两虚。这就是中医所说的“阴虚生内热，阳虚生外寒”、“阴阳两虚”。
阴阳在诊断上的应用
阴阳是诊断的总纲。疾病虽然很多，但其病变部位、性质及证候的属性都可以用阴阳来概括，如从疾病发展部位来看，不在表（阳），就在里（阴）。从疾病性质来看：热证（阳），寒证（阴）。从疾病发展趋势来自看：实证（阳）虚证（阴）。在临床辨证中，首先要分清阴阳，才能抓住疾病的本质，做到执简驭繁。
阴阳在治疗上的应用
中药种类甚多，但就其性能不外阴阳两类，从药性来看，不外寒、热、温、凉四性，其中温热属阳，寒凉属阴。其治疗原则是“调整阴阳，以平为期”，针对阴阳盛衰，采取补其不足，泻其有余，使阴阳偏盛偏衰的异常现象得到纠正，恢复其相对平衡状态。
中医常用“寒者热之，热者寒之，实者泻之，虚者补之”的治疗原则，促使失调的阴阳重新恢复到相对的平衡。临床上借药性之偏，来纠正人体阴阳之偏，使达到“阴平阳秘，精神乃治”。临床具体用法：
1.阴盛则寒，治法：寒者热之（用热药治疗实寒证）；
2.阳盛则热，治法：热者寒之（用寒药治疗实热证）；
3.阳不足、阴偏亢，治法：助阳抑阴；
4.阴不足、阳偏亢，治法：滋阴抑阳；
5.阴阳两者均不足，治法：滋阴助阳（阴阳双补）。