应用灸法时，可根据疾病情况，人体素质和脏腑功能偏盛偏衰，以补偏救弊的原则，选择适合的穴位施灸，才能起到强身健体治病的目的。那么如何选择合适的艾灸穴位呢?
①补中益气艾灸养生穴
【施灸方穴】百会、中脘、气海、足三里、三阴交、太渊。
【方穴功用】益气行血、通经活络、补中益气、升阳举陷、健脾和胃、温中散寒、脾肾双补、化水利湿、调和营卫。
【方穴主治】可作为一切亚健康艾灸养生保健的基础施灸方穴，还可治疗气虚血瘀之中风、胃脘痛、腹胀、腹泻、气短、乏力、腰腿无力、浮肿等症。
②五脏俱补艾灸养生方
【施灸方穴】肺俞、心俞、膈俞、肝俞、脾俞、肾俞。
【方穴功用】补五脏、调气血、安神定志、通经活络。
【方穴主治】为背部膀胱经穴位，可用于强身健体、防治亚健康、体质衰弱。还可治疗心悸气短、腰酸乏力、中风后遗症及一切虚劳损伤。
③独灸关元养生方
【施灸方穴】关元。
【方穴功用】补元益气、温肾健脾、补肾固脱、回阳救逆、温中散寒、理气止痛、补肾纳气、温阳利水、补血调经、温暖下元、补虚泻实、延年保健。
【方穴主治】可用于阳痿早泄、梦遗滑精、遗尿癃闭、小便频数、等泌尿生殖系统疾病，月经不调、闭经、痛经、崩漏带下、产后出血等妇科常见病，腹胀腹痛、腹泻痢疾、脱肛便秘等胃肠系统疾病，中风及一切虚劳损伤。关元还是人体重要补穴之一，女子可配合三阴交艾灸，男子可配合足三里艾灸。
关元作为常用的保健穴同足三里一样重要。古有春灸气海，秋灸关元，口生津液。若伤寒后，或中年久嗽不止，恐成虚劳，当灸关元三百壮。中年以上之人，腰腿关节作痛，乃肾气虚惫，风邪所乘之症，灸关元三百壮。老人气喘，乃肾虚气不归海，就关元二百壮。《类经图翼》云：“关元主诸虚百损，……但是积冷虚乏，皆宜灸，多者千余壮，少亦不下二三百壮。活人多亦。然虚频次灸之，乃下兼三里，故曰：若要丹田安，三里不曾干。”宋代窦材说：“……真气虚则人病，真气脱则人死。保命之法，灼艾第一，丹药第二，附子第三。人至三十，可三年一灸脐下三百壮；五十可二年一灸脐下五百壮；六十可一年一灸脐下三百壮；令人长生不老，余五十常灸关元五百壮……遂得老年健康。”由此可见，关元不但能够治疗诸虚百损，真阳欲脱等证，而且还可以保健延年。
④呼吸系统艾灸养生方：风门、身柱、肺俞、足三里。
⑤心血管系统艾灸养生方：
高血压：风门、曲池、足三里、阳陵泉。
冠心病：身柱、郄门、三阴交，也可以灸膻中穴。
⑥消化系统艾灸养生方：脾俞、胃俞、中脘、足三里、阳陵泉。
⑦神经系统艾灸养生方：大椎、身柱、肾俞、足三里。
⑧泌尿生殖系统艾灸养生方：肾俞、关元、三阴交、足三里。
⑨一般强壮艾灸养生方：
此法自古盛行。作为平常健康灸，可取足三里、中脘、关元，或单灸足三里，也有很好的健身作用。施行健身灸法，一次十数分钟时间多不过30分钟，既无多大痛苦，又经济节约。长期坚持施灸，可以提高身体素质，增进健康，其效果绝对不亚于服用膏方，是值得大力推广的保健方法。